L’arrêté n° 1065 du 22 août 1953 portant statut général des fonctionnaires des cadres territoriaux a institué en Nouvelle-Calédonie une nouvelle fonction publique : la fonction publique territoriale, regroupant des fonctionnaires des cadres locaux organisés par arrêté du gouverneur de la Nouvelle-Calédonie.
En 1954, a été créée la Caisse Locale de Retraite de Nouvelle-Calédonie (CLR) destinée à régir le régime spécial de retraite mis en place au profit de ces nouveaux fonctionnaires. Depuis cette date, les fonctionnaires territoriaux sont automatiquement affiliés à cette caisse de retraite.
Depuis, une autre fonction publique a vu le jour en Nouvelle-Calédonie : la délibération n° 486 du 10 août 1994 portant création du statut général des fonctionnaires des communes et de leurs établissements publics institue la fonction publique communale de Nouvelle-Calédonie. Comme les fonctionnaires territoriaux, les fonctionnaires communaux sont automatiquement affiliés à la CLR.
Près de soixante ans après son édiction, le décret n°54/48 du 4 janvier 1954 portant création et organisation de la Caisse Locale de Retraite de Nouvelle-Calédonie est fondu dans le code des pensions de retraites de Nouvelle-Calédonie à compter du 1er juillet 2013.
Jusqu’au milieu des années 1990, la CLR a été placée sous l’autorité du chef du service territorial des finances. C’était l’époque du bureau des pensions.
Afin de permettre la participation des fonctionnaires et retraités à la gestion de la caisse, la Commission permanente du congrès a créé, par délibération n° 365/CP du 17 novembre 1994, l’Office territorial de retraite des agents fonctionnaires (OTRAF), établissement public de la Nouvelle-Calédonie dont la mission est de gérer la CLR.
En 2006, L’établissement « OTRAF » change de nom pour devenir « Caisse locale de retraites » (CLR).
La CLR est administré par un conseil d’administration présidé par le chef de l’exécutif de la Nouvelle-Calédonie ou son représentant.